Nas negociações, a Comissão da CEDEAO, em colaboração com a Comissão da UEMOA, representa a África Ocidental. A Comissão Europeia representa a União Europeia.

A estrutura de negociações foi estabelecida no roteiro das Negociações do APE AO/UE, que foi aprovado em Acra, em 2003. As negociações são efectuadas a três níveis: Peritos, Altos Funcionários e Negociadores Chefes. Os encontros são organizados alternadamente em Bruxelas e na África Ocidental.

Os participantes da reunião de Peritos são ou especialistas nos temas específicos debatidos ou funcionários de nível sénior das três Comissões (CEDEAO, UEMOA e UE) e respectivos Estados-membros. Representantes da sociedade civil, ONGs e o sector privado também são convidados para as reuniões. As conclusões do encontro de especialistas, particularmente as questões não resolvidas, são enviadas para a reunião de altos funcionários.

A nível de Altos Funcionários, a África Ocidental é representada pelo Comissário da CEDEAO para o Comércio, Alfândegas e Livre Circulação. Ele é assistido pelo Comissário da UEMOA para o Mercado Regional, Comércio, Competição e Cooperação. Para a União Europeia, o Director de Comércio lidera a delegação da Comissão Europeia. A reunião de altos funcionários realiza-se após se ter alcançado progressos suficientes na reunião de peritos. Os Altos Funcionários são responsáveis ​​pela marcação do calendário e do mandato dos grupos técnicos temáticos de peritos, pela avaliação do seu progresso e realizações, pela adopção das conclusões provisórias devendo dar a conhecer os resultados aos Negociadores Chefe.

Os Presidentes das Comissões da CEDEAO e da UEMOA são os chefes de delegação dos Negociadores Chefe da RNC para a região Oeste Africana. O Comissário da UE para o Comércio é Chefe da Delegação da CE. O papel fundamental dos Negociadores Chefe é adoptar as conclusões das negociações e emitir orientações políticas para as fases subsequentes das negociações.

Existem outras estruturas, como o Comité Ministerial de Monitorização, o Grupo de Contacto e o Grupo de Trabalho Preparatório Regional.